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これはなに
とあるSNSで投稿したShitpostをそのままのせてみた。ノンアルコール
ボッスの軍師振りを書いてみるか
PIに求められるマネージメントって働ける人の適性をちゃんとみて仕事を振ってるところがある。 あーしみたいにゃ解析のほうが得意にゃ人には大量のデータを投げてくる。 流石だにゃぁって思うのはボッスは人脈をフルに使って最高の組み合わせを探してきているところ。 ボッスのラボだけではそんにゃ大量のデータを撮ることはできにゃいけど、面白いサンプルを作れる知り合いの共同研究者をひっぱってデータを持ってきてる すごいうまくマッチングができている。 ある意味構造生物学研究の特性だけど、おもしろいたんぱくがあれば構造情報といっしょにして論文にできるのが強い。
あーしめちゃくちゃこれってずるいと思うんだよね。 構造決定ってやることが非常にシンプルにゃのに得られる情報が大きいっていう意味でめちゃずるい。 サッカーで言ったらゴール前でパスもらってシュートするみたいにゃ。 生化学とかの実験結果を正しく解釈する最高のツールだけど、難しいのはもう構造決定だけでは生きていけにゃいっていうこと。
AF3も公開されてかにゃり話題ににゃってる。 とりさんも業界から足洗って高みの見物してる。 このさきあーしらは実験的にやる意義をちゃんと考えにゃいといけにゃい。 実際構造予測を作業仮説に生化学やって機能の調査をすることは可能だし、実際それでリガンドドッキングやってScienceに載ったりしてる。 tamir gonenおじさんが自然現象はシリコンの上で起こらにゃいって言ってるように、構造生物学者としての矜持が大事ににゃるんだろうにゃぁって思ってる。 あーしのボスもおんにゃじようにゃ考えいってた。 実際AF2はすばらしい精度で構造予測するけど、側鎖の予測精度はÅスケールではにゃいし、化学の言葉で議論するレベルにはにゃいと思うんだよね。 ボッスのすごいところ（たぶんトップレベルでは普通のこと）に、いろんにゃ相互作用がにゃんÅで起こるのかをすぐに言えるところがある。 Cuが錯体ににゃるときの酸素原子との距離にゃんてすぐ言えにゃいよ。 こういうところに実験的に構造を決める意味があると思うんだよね。 自然現象は想像以上に複雑で、熱力/統計力学的にも複雑にゃ相互作用の下で生理環境で安定にゃ構造を取っている。 その高いレベルでサイエンスをするにゃら相互作用の距離を諳んじられるくらいに構造を観察しにゃいといけにゃいとおもう。 このレベルの議論をしてるのが伝統的にゃ構造生物学で、最近の電顕から構造生物学に入ったようにゃライトユーザーはこういう議論ができにゃいんじゃにゃいかにゃ。 まぁあーしも電顕からはいったんだけど。 ボッスのマネージメントとそのバックグラウンドが強いから面白い研究ができるんだろうにゃぁと数ヶ月でおもいました。
おわり
余談
SNSに上げたあとにツイッターでこれをみつけた。非常に興味深い。 https://www.pssj.jp/archives/files/ps_history/PS_History_12.pdf
以下引用
以下の感想は自己批判を含めた記述である ことを確認しておきたい。端的に述べれば、わが国の構造解析研究室の多くが上記の問題を自覚せずに、フォーディズム（Fordism）に陥っているのではないか、という危惧である。フォーディズムとは研究構想（テーマの選択）と実行のプロセスに明確な分離が生ずることである。例えば、教授などのPIは、深い考察なしに構造決定のターゲットを選択する。この選択の動機は、機能を原子レベルで説明したい生化学者、細胞生物学者から共同研究として持ち込まれる提案に依存している。構造決定の最も高いハードルは蛋白質の発現系構築と精製法から結晶化までのプロセスであり、高分解能の結晶が一旦得られれば、費やす時間は技術レベルに依存するにしても、ともかく最終のゴールにたどり着く。多数のポストドクと院生をかかえた教授は個々の蛋白質の構造解析を彼らの研究テーマとして設定する。准教授や助教は構造解析専門家であるが、生物機能については詳しい知識はもっていない。それ故、ポストドク、テクニシャン、大学院学生は蛋白質の発現系と精製、それにつづく試行錯誤的な結晶化の仕事に集中するといった分業化が進む結果となる。繰り返しになるが、生物機能の背景は複雑系ネットワークであり、その構成成分の立体構造決定に成功すれば概念的進歩は別にして何らかの機能構造情報は獲得される。従って、それらの結果はインパクトファクターの高い雑誌に論文として報告される。世間的にも満足な評価が得られ、求職においても有利になる。創薬の基礎データとしての意義はあるにしても、構造決定の担当者が医薬品設計に直接携わる機会は少ない。こうして概念的な進歩には無関係で考察の浅い構造解析の論文が蔓延することになる。
アカデミアで生きていくにゃらこういうところもちゃんと考えにゃいとにゃ。
構造生物学やってる人って、構造中毒になってるフシがあるよね。学術的な意義よりも自然の美しさに魅了されてる人が多い気がする。あーしもそうだけど、そうなるともだえ苦しむ構造中毒者になるとおもう。
ちゃんとやる意義を自分の中で考えたい。
あとこういうエッセイかなり面白いのが他にもあるから、今度まとめて見るかな。